另一个使得价格计算复杂的因素是所谓的起点终点控制。比如有人买票花200澳元从墨尔本去悉尼的话，他可能与另一名乘同一飞机花1400澳元从墨尔本经悉尼去洛杉矶的旅客竞争。航空公司是应该把机票卖给乘远程的旅客呢，还是应该卖给乘近程的旅客，并希望会有一名旅客愿意花1300澳元从悉尼飞往洛杉矶。航空公司每日要做许多这样的决定。
1970年代末，现代电脑订票系统的出现为航空公司进行成本收益分析带来了巨大的便利，在一些情况下获得了几乎完美的价格歧视。
为了比竞争对手更加廉价，航空公司之间甚至爆发价格战。通过电脑，新价格可以很快发表到航空公司的销售频道上。
这些价格现象一般出现在传统航空公司中比较多，廉价航空公司一般提供固定的和简单的价格结构，有时每班飛机的价格不同。
在一定程度上电脑也使得航空公司能够预言在预订之后会有多少乘客真的会飞。这使得航空公司可以超额订票来补偿实际上没有飞的乘客，而同时又不会让付钱的旅客得不到座位。
維珍航空的空中客车A340-600
全服务航空公司需要比较高的运行和固定成本来维持其空中服务：劳工、燃料、飞机、引擎、部件、信息处理服务和网络、机场设施、机场处理服务、销售、饮食、训练、航空保险等。因此大部分机票收入都被用来支付许多外部服务企业或者内部的支付了。
此外航空公司也常被用来当作收税人，但是通过一些国家之间的条约航空燃料是免税的。机票中还包括一系列航空公司无法决定的费用、税务和费用等。这些钱被交给不同的服务设施或者交给国家。航空公司还有执行政府管制的义务。比如在国际航线上航空公司必须将没有适当证件的乘客遣返他们出发的国家。
从1992年至1996年的分析显示在空运中航空公司是所有公司中盈利最低的，虽然航空公司通过销售机票为这些公司收费。航空公司的盈利为6%的投资，机场为10%，服务公司为10-13%，飞机出租商为15%，飞机生产商为16%，货运公司30%以上。
其结果是在美国和一些其它地区许多航空公司破产。目前在美国，美國航空、聯合航空和西北航空全部处于《美国破产法》第十一章破产保护状态下。
假如一个航空公司在一个机场设立了维修基地的话，将其航班集中在该机场比较有益。
马来西亚航空的一架波音777-200
航空公司的财政很复杂，因为其运行非常复杂。航空公司不仅需要不时购买新的飞机和引擎而且还要根据市场需求对其机队做出长期计划，同时还要使得其机队能够有效地运行和维护。
另一个财政问题是在买柴油和燃料时的对冲，一般来说燃料的价格是一个航空公司继劳工后第二大支出。由于近来油价上涨它甚至成为最大支出。
由于许多国际机场堵塞，在这些机场拥有一定数量的起飞和降落权对于许多航空公司来说也成为一个重要的、可以买卖的财产。比如在一天的高峰期拥有起飞权可以使一个航空公司吸引更多的赢利高的商务旅客，由此对于其它航空公司来说是一个竞争优点。假如一个城市有多座机场的话由于市场效应比较不重要的、或者竞争比较少的航线一般会聚集在比较不堵塞的机场，因为那里的起飞和降落权比较便宜和容易获得。地面交通设施等也是不同机场的吸引力不同的重要的因素。
班號共用是航空公司之间最常见的合作方法，这包括一个航空公司使用自己的班号为另一个航空公司售票。早在1960年代里日本航空与苏联航空就在东京赴莫斯科的航线上进行班号共用了。这个方法使得航空公司至少在纸面上可以将其营业范围扩张到它无法进入的地区。
从1990年代开始航空公司越来越多地进行联盟。这些联盟可以看作是虚拟的合并来避免政府限制。星空聯盟、寰宇一家和天合聯盟等组织协调它们的旅客服务项目、提供特殊的跨公司机票、往往大量进行班号公用。它们越来越密集地集中它们的营业，它们互相之间的产品、服务标准、程式和机场设施都是标准化的，可以高效率地组合。最早组织航空联盟的航空公司之一是荷兰皇家航空，它与西北航空联盟。2004年荷兰皇家航空与法国航空合并后它们一起加入了天合联盟。
往往联盟的公司组合它们的信息处理系统、一起买燃料和飞机来获得比较大的交易势力。尤其在购买燃料上联盟带来的好处很多。
飞机引擎散发噪声污染、废气和灰尘污染，对全球变暖和全球黯化
现代的涡轮风扇发动机和渦輪螺旋槳發動機比过去的引擎效率要高得多，释放的废气也少。但是总的说来近年来空运的巨大发展导致航空造成的总污染提高，甚至抵消了一部分汽车达到的减少。在欧洲联盟从1990年至2006年航空造成的温室气体的释放量提高了87%。
由于气候变化和哈伯特顶点，有关于向空运征税和把航空业纳入排污交易的讨论，这个措施的目的在于征收航空的总外部价格。
在美国航空业释放的温室气体占运输业总释放量的约11%。波音估计生物燃料可以把飞行导致的温室气体减少60至80%。可能性之一是在现用的飞行燃料中加海藻制的燃料。
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